Program Studi Pastoral Konseling IAKN Kupang adalah salah satu  program studi yang berada di bawah Fakultas Ilmu Sosial Keagamaan Kristen dan memiliki peringkat akreditasi B. Program studi ini berfokus menyiapkan Sumber Daya Manusia (SDM) yang mumpuni dan beradab di bidang Pastoral Konseling dengan penciri program studi adalah melaksanakan pelayanan berdasarkan pendekatan humanisitik. Hal ini tercermin dalam penyusunan kurikulum prodi pastoral konseling yang berkaitan dengan tiga rumpun ilmu  yaitu di bidang Teologi, Konseling, dan Psikologi. Beberapa mata kuliah sebagai penciri program studi antara lain: Konseling Pastoral, Konseling Populasi Khusus, Pastoral Krisis, dan Konseling Lintas Budaya.

 Visi Program Studi

Menjadi Program Studi Unggul Dalam Menghasilkan Sumber Daya Manusia yang mumpuni dan beradab di bidang Pastoral Konseling.

 Misi Program Studi

1. Melaksanakan pendidikan dan pengajaran yang mumpuni di bidang Pastoral Konseling.
2. Melaksanakan penelitian dan publikasi tentang masalah-masalah di bidang Pastoral Konseling untuk menjawab kebutuhan gereja, pemerintah dan masyarakat.
3. Melaksanakan pengabdian dan publikasi kepada masyarakat di bidang Pastoral Konseling berbasis konteks.